選擇“小三通”航線，可從福州、廈門,、泉州出發(fā)，經(jīng)由金門,、馬祖，再到臺(tái)灣本島,，優(yōu)勢(shì)是班次多,、出行靈活，每周經(jīng)由“廈門-金門”,、“泉州-金門”,、“馬尾-馬祖”航線的班次多達(dá)322個(gè)，其中“廈門-金門”252個(gè)航班,、“泉州-金門”42班,、“馬尾-馬祖”28班。廈金航線班次最密集,，平均每22分鐘就有1班,。此外，“小三通”還可將金門民俗文化村,、莒光樓,、延平郡王祠、八二三戰(zhàn)史館,、翟山坑道,、馬祖天后宮、北?？拥?、云臺(tái)山等金門、馬祖景點(diǎn),，與臺(tái)灣本島旅游景點(diǎn)串聯(lián)起來(lái),。

游客也可選擇每周4個(gè)航班的廈門直航臺(tái)灣本島，從廈門港出發(fā),，乘坐高達(dá)8層,、總噸位26847噸、載客683名的“中遠(yuǎn)之星”滾裝船,，直達(dá)臺(tái)灣基隆港,、臺(tái)中港，價(jià)格較底,，且夕發(fā)朝至,，晚上睡一覺次日早上就到了。這是目前大陸與臺(tái)灣本島之間唯一常態(tài)化經(jīng)營(yíng)的客運(yùn)航線,，而且福建正在加快建設(shè)第二條即平潭海上客運(yùn)直航臺(tái)灣本島航線,，“海峽號(hào)”客滾輪相關(guān)手續(xù)正在抓緊辦理，客運(yùn)碼頭加快建設(shè),，力爭(zhēng)年內(nèi)投用,。

除了海運(yùn)之外，追求速度的游客可以選擇空中直航,。目前,，福建已開辟了從福州、廈門機(jī)場(chǎng)直飛臺(tái)灣高雄,、臺(tái)中,、桃園、松山等機(jī)場(chǎng)的8條航線,，每周航班55個(gè),。