選擇“小三通”航線，可從福州,、廈門、泉州出發(fā),，經(jīng)由金門,、馬祖，再到臺灣本島,，優(yōu)勢是班次多,、出行靈活，每周經(jīng)由“廈門-金門”,、“泉州-金門”,、“馬尾-馬祖”航線的班次多達(dá)322個，其中“廈門-金門”252個航班,、“泉州-金門”42班,、“馬尾-馬祖”28班。廈金航線班次最密集,，平均每22分鐘就有1班,。此外，“小三通”還可將金門民俗文化村,、莒光樓,、延平郡王祠、八二三戰(zhàn)史館,、翟山坑道,、馬祖天后宮、北?？拥?、云臺山等金門、馬祖景點,，與臺灣本島旅游景點串聯(lián)起來,。

游客也可選擇每周4個航班的廈門直航臺灣本島,，從廈門港出發(fā)，乘坐高達(dá)8層,、總噸位26847噸,、載客683名的“中遠(yuǎn)之星”滾裝船，直達(dá)臺灣基隆港,、臺中港,，價格較底，且夕發(fā)朝至,，晚上睡一覺次日早上就到了,。這是目前大陸與臺灣本島之間唯一常態(tài)化經(jīng)營的客運(yùn)航線，而且福建正在加快建設(shè)第二條即平潭海上客運(yùn)直航臺灣本島航線,，“海峽號”客滾輪相關(guān)手續(xù)正在抓緊辦理,，客運(yùn)碼頭加快建設(shè)，力爭年內(nèi)投用,。

除了海運(yùn)之外,，追求速度的游客可以選擇空中直航。目前,，福建已開辟了從福州,、廈門機(jī)場直飛臺灣高雄、臺中,、桃園,、松山等機(jī)場的8條航線，每周航班55個,。