選擇“小三通”航線,，可從福州,、廈門、泉州出發(fā),，經由金門,、馬祖，再到臺灣本島,，優(yōu)勢是班次多,、出行靈活，每周經由“廈門-金門”,、“泉州-金門”,、“馬尾-馬祖”航線的班次多達322個，其中“廈門-金門”252個航班,、“泉州-金門”42班,、“馬尾-馬祖”28班。廈金航線班次最密集,，平均每22分鐘就有1班,。此外，“小三通”還可將金門民俗文化村,、莒光樓,、延平郡王祠、八二三戰(zhàn)史館,、翟山坑道,、馬祖天后宮,、北?？拥馈⒃婆_山等金門,、馬祖景點,，與臺灣本島旅游景點串聯(lián)起來,。

游客也可選擇每周4個航班的廈門直航臺灣本島，從廈門港出發(fā),，乘坐高達8層,、總噸位26847噸、載客683名的“中遠之星”滾裝船,，直達臺灣基隆港,、臺中港，價格較底,，且夕發(fā)朝至,，晚上睡一覺次日早上就到了。這是目前大陸與臺灣本島之間唯一常態(tài)化經營的客運航線,，而且福建正在加快建設第二條即平潭海上客運直航臺灣本島航線,，“海峽號”客滾輪相關手續(xù)正在抓緊辦理，客運碼頭加快建設,，力爭年內投用,。

除了海運之外，追求速度的游客可以選擇空中直航,。目前,，福建已開辟了從福州、廈門機場直飛臺灣高雄,、臺中,、桃園、松山等機場的8條航線,，每周航班55個,。