選擇“小三通”航線，可從福州、廈門,、泉州出發(fā),，經(jīng)由金門、馬祖,，再到臺灣本島，優(yōu)勢是班次多、出行靈活,，每周經(jīng)由“廈門-金門”、“泉州-金門”,、“馬尾-馬祖”航線的班次多達322個,，其中“廈門-金門”252個航班、“泉州-金門”42班、“馬尾-馬祖”28班,。廈金航線班次最密集,，平均每22分鐘就有1班。此外,，“小三通”還可將金門民俗文化村,、莒光樓、延平郡王祠,、八二三戰(zhàn)史館,、翟山坑道、馬祖天后宮,、北?？拥馈⒃婆_山等金門,、馬祖景點,，與臺灣本島旅游景點串聯(lián)起來。

游客也可選擇每周4個航班的廈門直航臺灣本島,，從廈門港出發(fā),，乘坐高達8層、總噸位26847噸,、載客683名的“中遠之星”滾裝船,，直達臺灣基隆港、臺中港,，價格較底,，且夕發(fā)朝至，晚上睡一覺次日早上就到了,。這是目前大陸與臺灣本島之間唯一常態(tài)化經(jīng)營的客運航線,，而且福建正在加快建設(shè)第二條即平潭海上客運直航臺灣本島航線，“海峽號”客滾輪相關(guān)手續(xù)正在抓緊辦理,，客運碼頭加快建設(shè),，力爭年內(nèi)投用。

除了海運之外,，追求速度的游客可以選擇空中直航,。目前，福建已開辟了從福州,、廈門機場直飛臺灣高雄,、臺中、桃園,、松山等機場的8條航線,，每周航班55個,。