在長汀,，廈大校址位于北山麓文廟、萬壽宮一帶,，與長汀中學(xué)校舍緊密相連,。當(dāng)時的條件是艱苦的，學(xué)校以長汀文廟為辦公場所,，借一座破樓做女生宿舍,，租長汀飯店給教授安身棲息。薩本棟一家住在倉頡廟,，僅臥室和飯廳兩間,。

為了解決同學(xué)們的肚子問題，薩本棟跑政府,、求富戶,，派人到產(chǎn)糧區(qū)采購糙米，總算讓同學(xué)們吃上糙米飯,，給學(xué)生提供早餐配黃豆,、中餐配青菜的食譜。長汀沒有電,，薩校長將政府配給自己的小汽車上的發(fā)動機卸下來發(fā)電,，向教室和閱覽室供電。教材不夠，學(xué)生輪流閱讀,。中文類的教材干脆讓學(xué)生自己抄上一遍,，以強化記憶。學(xué)生可以申請戰(zhàn)區(qū)學(xué)生貸金,，每月8元,，畢業(yè)后就業(yè)時清還。薩本棟把學(xué)生介紹到校外兼職工作,，解決他們的燃眉之急,。

政府經(jīng)常不能及時撥下經(jīng)費，薩本棟率先執(zhí)行減薪,，按三至五成支領(lǐng)校長薪俸,。為節(jié)省經(jīng)費，規(guī)定領(lǐng)導(dǎo)和教授不得安插自己的親屬在學(xué)校工作,。薩本棟帶頭遵守規(guī)定,，讓太太擔(dān)任完全義務(wù)性質(zhì)的女生指導(dǎo)員，不領(lǐng)一分薪酬,。

1938年5月10日凌晨,，日軍大舉進攻廈門，從五通浦口登陸,。此后,，日軍飛機三天兩頭飛到長汀轟炸騷擾。為了使損失降到最低,，當(dāng)局在北山設(shè)警報臺，掛一個紅球預(yù)報遠處有敵機,，掛兩個紅球表示敵機臨近,。

當(dāng)時廈大的防空洞就開鑿在校園的后山，青年校長薩本棟總是站在洞口指揮師生,，自己最后一個進洞,。洞小人多，又沒有通風(fēng)設(shè)備,，薩本棟指揮洞口和洞內(nèi)深處的師生不斷地換位,，以分享洞口的新鮮空氣，防止有人昏倒,。

當(dāng)時政府高呼“十萬青年十萬軍”,，號召青年從軍，廈門大學(xué)百名學(xué)生報名從軍,，并迅速組織成立“國立廈門大學(xué)學(xué)生救國服務(wù)團”等各種文化社會團體,，各種定期不定期的報紙、刊物圍繞“抗日救國”的主題競相出版，使得長汀的文化活動異?；钴S,。民間抗戰(zhàn)團體“長汀縣抗日后援會”公舉薩本棟為名譽會長，吸收大量廈大學(xué)生入會,。

廈大中文學(xué)會主編《巨圖》,、廈大戰(zhàn)時后方服務(wù)團出版《唯力》、廈大校友總會出版《廈大通訊》,、抗日后援會出版《戰(zhàn)聲》,，師生們在這些期刊發(fā)表慷慨激昂的作品，大聲疾呼全民抗戰(zhàn),。

抵達長汀兩年后,，廈門大學(xué)添建了同安堂和嘉庚堂兩座教室，有了山麓中的萬壽宮做圖書館,，修了一座民房為四年級的男生宿舍……廈大校區(qū)逐漸連片,，占地60畝，看上去有半個長汀城,。