水污染物總量控制方面，各設(shè)區(qū)市均已完成COD年度減排任務(wù),，完成較好的是泉州市、龍巖市,，完成較差的是寧德市、三明市。

按照重點整治任務(wù)來看，飲用水源保護(hù)工作方面,，基本完成“閩江、九龍江水環(huán)境整治與水源保護(hù)”辦實事項目任務(wù)240項,，但永安尼葛工業(yè)園污水處理,，龍巖、南平市垃圾焚燒發(fā)電等項目建設(shè)滯后,；廈門汀溪水庫、漳州一水廠,、莆田東圳水庫,、南平安豐水廠,、安溪城關(guān)水廠等水源保護(hù)區(qū)內(nèi)仍存在生產(chǎn)性和經(jīng)營性排污單位。

養(yǎng)殖業(yè)污染整治方面,，漳州,、龍巖等市完成較好；福州,、三明,、南平完成較差；閩侯,、尤溪,、延平禁養(yǎng)區(qū)還存在多家規(guī)模化養(yǎng)殖場,，延平區(qū)還存在養(yǎng)殖業(yè)廢水跨界污染沙縣青州鎮(zhèn)飲用水源地等多項問題,，被掛牌督辦。