１９３９年,，回民教導(dǎo)總隊改編為八路軍第三縱隊回民支隊,，馬本齋任司令員。１９４２年８月,，回民支隊奉命到達(dá)冀魯豫抗日根據(jù)地,，他被任命為冀魯豫軍區(qū)第三軍分區(qū)司令員兼回民支隊司令員。馬本齋作戰(zhàn)勇猛,，身先士卒,，在回民支隊和廣大群眾中享有很高威望。改編后的回民支隊,，在他的率領(lǐng)下,，戰(zhàn)斗力不斷提高，隊伍迅速發(fā)展到２０００多人,，成為八路軍冀中軍區(qū)野戰(zhàn)化較早的一支能征善戰(zhàn)的精銳部隊,。
日本侵略軍為消滅回民支隊,，無所不用其極，但都沒有能夠得逞,。１９４１年８月２７日,，日本侵略軍抓走了馬本齋的母親白文冠，企圖逼降素有孝子之名的馬本齋,。同時,，以馬母為誘餌，誘使馬本齋率部來救,，以乘機(jī)消滅回民支隊,。日本侵略軍用種種手段，逼迫馬母給馬本齋寫勸降信,。但是,，深明大義的馬母寧死不屈、義正辭嚴(yán)地拒絕敵人：“我是中國人,，我兒子當(dāng)八路軍是我讓他去的,。勸降？那是妄想,！”馬母絕食７天,，以身殉國?；孛裰ш犞笐?zhàn)員紛紛請戰(zhàn),，要為馬母報仇。馬本齋沉痛地勸說戰(zhàn)友們,，“以大局為重,，不要上敵人的圈套?！彼蚰赣H寫下誓言：“偉大母親,，雖死猶生，兒承母志,，繼續(xù)斗爭,！”
從１９３７年至１９４４年，馬本齋率領(lǐng)回民支隊,，不懼犧牲,，浴血作戰(zhàn)，奮勇殺敵,，經(jīng)歷大小戰(zhàn)斗８７０余次,，殲滅日偽軍３．６萬余人，在廣闊的冀中平原和冀魯豫邊區(qū)，所向披靡,，屢建戰(zhàn)功,，打得日本侵略軍聞風(fēng)喪膽。
１９４３年底,，他在率部參加冀魯豫抗日根據(jù)地反蠶食戰(zhàn)斗中,，頸后長了毒瘡。由于戰(zhàn)事繁忙,，加之缺醫(yī)少藥,，未能及時治療，不久病情加重,。１９４４年１月底,，回民支隊奉命開赴延安。出發(fā)前,，他抱病為部隊作了最后一次動員,，叮囑同志們“要跟著黨，跟著毛主席,，抗戰(zhàn)到底,！”同年２月７日，馬本齋在冀魯豫軍區(qū)后方醫(yī)院不幸病逝,，時年４２歲,。３月１７日，延安各界舉行馬本齋追悼大會,，毛澤東,、周恩來、朱德等中央領(lǐng)導(dǎo)送了花圈和挽聯(lián),。毛澤東的挽詞是：“馬本齋同志不死！”周恩來的挽詞是：“民族英雄,、吾黨戰(zhàn)士,！”朱德的挽詞是：“壯志難移，回漢各族模范,。大節(jié)不死,，母子兩代英雄！”
