１９３９年,，回民教導總隊改編為八路軍第三縱隊回民支隊,，馬本齋任司令員,。１９４２年８月,，回民支隊奉命到達冀魯豫抗日根據(jù)地,，他被任命為冀魯豫軍區(qū)第三軍分區(qū)司令員兼回民支隊司令員,。馬本齋作戰(zhàn)勇猛,，身先士卒,，在回民支隊和廣大群眾中享有很高威望,。改編后的回民支隊,，在他的率領下，戰(zhàn)斗力不斷提高,，隊伍迅速發(fā)展到２０００多人,，成為八路軍冀中軍區(qū)野戰(zhàn)化較早的一支能征善戰(zhàn)的精銳部隊。
日本侵略軍為消滅回民支隊,，無所不用其極,，但都沒有能夠得逞。１９４１年８月２７日,，日本侵略軍抓走了馬本齋的母親白文冠,，企圖逼降素有孝子之名的馬本齋。同時,，以馬母為誘餌,，誘使馬本齋率部來救,，以乘機消滅回民支隊。日本侵略軍用種種手段,，逼迫馬母給馬本齋寫勸降信,。但是，深明大義的馬母寧死不屈,、義正辭嚴地拒絕敵人：“我是中國人,，我兒子當八路軍是我讓他去的。勸降,？那是妄想,！”馬母絕食７天，以身殉國,?；孛裰ш犞笐?zhàn)員紛紛請戰(zhàn)，要為馬母報仇,。馬本齋沉痛地勸說戰(zhàn)友們,，“以大局為重，不要上敵人的圈套,?！彼蚰赣H寫下誓言：“偉大母親，雖死猶生,，兒承母志,，繼續(xù)斗爭！”
從１９３７年至１９４４年,，馬本齋率領回民支隊,，不懼犧牲，浴血作戰(zhàn),，奮勇殺敵,，經歷大小戰(zhàn)斗８７０余次，殲滅日偽軍３．６萬余人,，在廣闊的冀中平原和冀魯豫邊區(qū),，所向披靡，屢建戰(zhàn)功,，打得日本侵略軍聞風喪膽,。
１９４３年底，他在率部參加冀魯豫抗日根據(jù)地反蠶食戰(zhàn)斗中,，頸后長了毒瘡,。由于戰(zhàn)事繁忙，加之缺醫(yī)少藥,，未能及時治療,，不久病情加重,。１９４４年１月底，回民支隊奉命開赴延安,。出發(fā)前,，他抱病為部隊作了最后一次動員，叮囑同志們“要跟著黨,，跟著毛主席,，抗戰(zhàn)到底！”同年２月７日,，馬本齋在冀魯豫軍區(qū)后方醫(yī)院不幸病逝,，時年４２歲。３月１７日,，延安各界舉行馬本齋追悼大會,，毛澤東、周恩來,、朱德等中央領導送了花圈和挽聯(lián)。毛澤東的挽詞是：“馬本齋同志不死,！”周恩來的挽詞是：“民族英雄,、吾黨戰(zhàn)士！”朱德的挽詞是：“壯志難移,，回漢各族模范,。大節(jié)不死，母子兩代英雄,！”
