馬英九上任之后，開始積極推動(dòng)新一輪“行政院”組織改造,。經(jīng)過漫長的朝野協(xié)商與“立法”過程,，2010年1月12日，臺(tái)“立法院”終于三讀通過“行政院組織法”修正案,、“中央行政機(jī)關(guān)組織基準(zhǔn)法”修正案等有關(guān)行政機(jī)關(guān)組織改造的 “政府組織再造四法”,。馬英九意氣風(fēng)發(fā)地表示，這是60年來變動(dòng)最大的一次（組織改造）,，盼能達(dá)到“精實(shí),、彈性、效能”,，并以此掌握政治風(fēng)氣,，贏得民心。至此,，延宕了22年的行政組織再造終于進(jìn)入了實(shí)際執(zhí)行階段,。

亂象橫生 部門利益與改革目標(biāo)“拉鋸”

按照“行政組織再造四法”規(guī)劃,，臺(tái)“行政院”將由目前的37個(gè)“部會(huì)”分階段整并為 “14部、8會(huì),、3獨(dú)立機(jī)關(guān),、2總處、2附屬機(jī)構(gòu)”,，總計(jì)29個(gè)機(jī)關(guān),，馬“政府”編制上限也將由目前的190200人刪減至173000人。但執(zhí)行起來卻問題不斷,。例如“林務(wù)局”,、“水保局”并入新成立的“環(huán)境資源部”就頗有爭議。有“立委”就質(zhì)疑：“未來‘環(huán)境部長’究竟要找學(xué)林業(yè),、環(huán)保還是水利的,？”

另外，機(jī)構(gòu)整并勢必牽涉行政資源的重新分配,，強(qiáng)勢“部會(huì)”挑肥揀瘦也成了意想不到的問題,。據(jù)臺(tái)灣媒體報(bào)道，原本屬于“交通部”的“中央氣象局”,，原定被改編到“環(huán)境資源部”,，但又有“立委”提案要求并入“科技部”，一時(shí)間,，“氣象局”何去何從難有定論,，被媒體形容為“孤兒”。

當(dāng)然,，目前為止最大的紛爭,，還要數(shù)“雇員轉(zhuǎn)公務(wù)員”問題。沒有編制的臨時(shí)雇員本是歷史遺留問題,，如今面臨組織改造,，“行政院”順勢同意通過金融雇員生等考試的雇員轉(zhuǎn)任公務(wù)員。不料“考試院”反彈強(qiáng)烈,，認(rèn)為是 “黑官漂白”,。輿論也認(rèn)為組織改造目標(biāo)是精簡人事，但“行政院”此舉不僅有礙公平,，也有渾水摸魚之嫌,，且違背改革目標(biāo)。對(duì)此,，馬英九至今態(tài)度不明,，只說“我們會(huì)非常關(guān)心”。