首先是學(xué)生上學(xué)路程普遍變遠。一些非寄宿學(xué)生在村里學(xué)校撤并后要起早上學(xué),，個別的甚至來回要走兩三個小時,。

其次是學(xué)生上學(xué)交通安全隱患增多。學(xué)校撤并后很多學(xué)生需要乘坐交通工具上學(xué),，由于農(nóng)村道路條件較差,，車況良莠不齊，交通狀況復(fù)雜,，學(xué)生上學(xué)途中的安全難以切實得到保障,。

還有一個問題是寄宿制學(xué)校辦學(xué)條件保障不到位。由于撤并學(xué)校過快,，農(nóng)村寄宿生大量增加,，一些地方寄宿制學(xué)校辦學(xué)條件保障跟不上，生活管理人員缺乏,，不少寄宿制學(xué)校床鋪緊張,、食堂簡陋、廁位不足,、冬季取暖和夏季防暑條件得不到保障,。

另外，并入學(xué)校大班額問題突出,。一些地區(qū)在并入學(xué)校辦學(xué)條件難以滿足的情況下,，盲目撤并學(xué)校，致使并入學(xué)校大班額問題突出,，教學(xué)資源嚴(yán)重不足,，教育教學(xué)質(zhì)量難以保證。

此外,，部分群眾經(jīng)濟負擔(dān)加大,。村小或教學(xué)點撤并后，學(xué)生需要乘坐交通工具上學(xué),，增加了交通費用,。寄宿生還要承擔(dān)部分或全部伙食費。有的家長在縣鎮(zhèn)陪讀，另需支付房租等生活費用,。