檢方調(diào)查，陳水扁2008年后,，指示辦公室幕僚陳心怡,，將任職期間所持有的文書及機(jī)密資料，打包運(yùn)到卸任后的辦公室,。帶走的資料包括安全部門,、防務(wù)部門、涉外部門等單位呈送給陳水扁的匯報(bào),，還有扁家人官司及敏感人物的司法文件檔案,。

特偵組偵辦扁案過程中，兩度搜索扁辦及其寶徠住處,，查扣部分被扁帶走的公文,，后來扁辦主動(dòng)要求馬辦拿回未被查扣的資料，馬辦也告發(fā)扁侵占公文,；特偵組第三度搜索,，三次共查扣102箱公文書，其中跟李登輝有關(guān)的密帳,、隨扈筆錄等資料,，還是陳水扁自己隨身攜回住處。

陳水扁雖辯稱各單位未要求繳回相關(guān)文書,，且自己有權(quán)銷毀,，即擁有處分權(quán)，不構(gòu)成侵占,；但特偵組協(xié)請(qǐng)33個(gè)部會(huì)會(huì)勘,，確認(rèn)公文機(jī)密等級(jí)及保密期限，就訊扁16次后,，認(rèn)定扁侵占,、隱匿公務(wù)上持有的文書17375件，其中3419件屬機(jī)密,。另外有他個(gè)人可處分的文書,，特偵組并未起訴。

特偵組指出,，侵占機(jī)密公文案的起訴書共三大冊(cè),、1221頁(yè)、120萬余字,，因?qū)儆跈C(jī)密,，全部不公開，未來法院也將采秘密庭方式審理,。