檢方調(diào)查，陳水扁2008年后，指示辦公室幕僚陳心怡,，將任職期間所持有的文書及機密資料，打包運到卸任后的辦公室,。帶走的資料包括安全部門、防務(wù)部門,、涉外部門等單位呈送給陳水扁的匯報,，還有扁家人官司及敏感人物的司法文件檔案。

特偵組偵辦扁案過程中,，兩度搜索扁辦及其寶徠住處,，查扣部分被扁帶走的公文，后來扁辦主動要求馬辦拿回未被查扣的資料,，馬辦也告發(fā)扁侵占公文；特偵組第三度搜索,，三次共查扣102箱公文書,，其中跟李登輝有關(guān)的密帳、隨扈筆錄等資料,，還是陳水扁自己隨身攜回住處,。

陳水扁雖辯稱各單位未要求繳回相關(guān)文書，且自己有權(quán)銷毀,，即擁有處分權(quán),，不構(gòu)成侵占；但特偵組協(xié)請33個部會會勘,，確認公文機密等級及保密期限,，就訊扁16次后，認定扁侵占,、隱匿公務(wù)上持有的文書17375件,，其中3419件屬機密。另外有他個人可處分的文書,，特偵組并未起訴,。

特偵組指出,，侵占機密公文案的起訴書共三大冊、1221頁,、120萬余字,，因?qū)儆跈C密，全部不公開,，未來法院也將采秘密庭方式審理,。