2005年5月,，已經步入政壇十多年的呂清海迎來人生中的最關鍵時刻,。彼時，神馬集團雖然作為河南的工業(yè)骨干企業(yè),，位居全國化纖行業(yè)前列,，但最終卻因循規(guī)守舊的防御性經營理念,，由全國企業(yè)500強排名中的前200位倒退到近600位，旗下十幾家子公司陷入虧損,。

面對如此局面,，仕途得意的呂清海再次成為這家有著17000多名員工的國有企業(yè)掌門人。直到4年后的2009年,，被調至鄭州擔任河南省工業(yè)和信息化廳黨組書記,、副廳長。

任職神馬集團期間,，呂清海主導了下屬上市公司神馬股份的股權分置改革,，并先后投資數百億元，上馬了讓人眼花繚亂的新項目。